Le Secrétariat de l'ICCAT facilite les travaux réalisés par la Commission. Celui-ci est organisé comme il est indiqué dans l'organigramme ci-dessous. Cette organisation répond à divers facteurs, tels que le mandat de la Commission, le nombre de fonctionnaires, leur classification et expérience. C'est pourquoi certains fonctionnaires réalisent différentes tâches relevant de plusieurs départements.

Plusieurs tâches directement coordonnées par le Secrétaire exécutif ou son Adjoint ne figurent pas dans le présent document. Il s'agit notamment de la coordination des communications avec les délégués, la coordination de la traduction et de la distribution des documents pendant les réunions, ainsi que de l'actualisation des pages Web.